Alexaが提供するツールバーを組みこんだブラウザが、色々なサイトを訪問する度にその情報がAlexaに報告されます。
この情報を元にトラフィックを測定し、独自の統計学に基づいた予測値を算出します。
また、Googleとの連携が実現したことでGoogle検索結果情報も加味されるようになっています。

これらの情報から各Webサイトのトラフィックランキングを算出し提供しているわけです。

Alexaのランキングは各ドメイン単位です。
ページ一つひとつのランキングではありませんので、Webサイト全体が何位に位置しているのか？ と言う見方になります。

ちなみに日本で圧倒的なアクセス数を誇る、Yahoo!JAPANは全世界で第9位（2004.9.19現在）です。
驚く無かれ、Top10のうち4サイトは中国系のサイトです。

今直ぐにでも、自分のサイトが全世界で何位なのか？見てみたい人は下に自分のホームページのURLを入力してみてください。
画面中央真中あたりの「Traffic Rank for」の数字が順位です。