リンクプログラムとは...例えばあるテーマに沿った同じジャンルのホームページが互いにリンクを貼り合う集中スペースみたいなモノでしょうか？
って、もっと分かりにくい表現になってしまいました。（反省）

う〜ん、そうですね、タレントの「伊東美咲」に関するファンサイトを運営している方が100人いたとします。
その中の一人が「伊東美咲リンクプログラム」なるモノを作成し残り99人へ参加を呼びかけます。
仮に50人が参加したとしましょう、参加した各ホームページにはランダムに「伊東美咲リンクプログラム」に参加している他のホームページへのリンクが自動的に露出されます。
こうやって、一度「伊東美咲」で舞い込んだアクセスをリングプログラムを通じて同系者内で回して行くようなモノでしょうか。

上記のようなリンクプログラムなら良いのですが、Googleが気にしているのは「リンク」の部分だと思います。
ご存知の通り、Googleの上位表示は被リンク数の多さに影響される構造になっています。
リンクプログラムのような膨大なリンク構造を、この被リンクによる上位付けに意図的に利用されたら...困ったちゃんですね。

Googleの表示スコアに影響を及ぼすほどのリンクプログラムになると、それこそかなり「有名」になると思いますのでマークされている可能性があります。
さらにGoogleに対し意図的な部分を用いていることが見つかれば、そのリンクプログラム自体のスコアをマイナス評価するかもしれません。

このように悪質なゾーンとマークされたリンクプログラムとは知らず、良かれと思って参加していると、そのリンク一つであなたのサイトの評価がガクッってダウンすることがあるよ、と言っているようです。

通常チマタのリンクプログラムは全く問題無いと思いますが、いわゆるダークなSEOではこれらの手法を使っている可能性があります。
十分注意したいモノですね。